Optimasi Suhu Annealing Primer matK dan ITS1 pada DNA Melothria pendula L. (Cucurbitaceae) dengan Metode Polymerase Chain Reaction (PCR)

Abstract

Melothria pendula L. merupakan tumbuhan merambat dari famili Cucurbitaceae yang memiliki potensi biologis tinggi, namun identifikasinya sulit dilakukan secara morfologi terutama pada fase vegetatif. Identifikasi molekuler berbasis DNA menjadi alternatif yang lebih akurat, dengan teknik polymerase chain reaction (PCR) sebagai tahap penting untuk mengamplifikasi fragmen gen target. Keberhasilan PCR sangat dipengaruhi oleh optimasi suhu annealing, karena suhu yang tidak sesuai dapat menyebabkan amplifikasi nonspesifik atau kegagalan pembentukan produk. Penelitian ini bertujuan menentukan suhu annealing optimum primer matK dan ITS1 dalam amplifikasi DNA M. pendula menggunakan metode gradient PCR. DNA diisolasi dari daun segar menggunakan metode CTAB dengan hasil konsentrasi 1.091,50 ng/µL dan rasio kemurnian A₂₆₀/A₂₈₀ sebesar 1,958. Proses amplifikasi dijalankan pada rentang suhu 40-60°C. Hasil menunjukkan bahwa suhu annealing optimum untuk primer matK adalah 51,2°C menghasilkan pita target ~900 bp, sedangkan ITS1 optimal pada 56°C dengan pita target ~300 bp. Kedua suhu menghasilkan pita tunggal yang tebal, jelas, dan tanpa multiband atau primer dimer. Optimasi suhu annealing berperan penting dalam meningkatkan efisiensi dan spesifisitas amplifikasi PCR untuk mendukung identifikasi molekuler M. pendula.