Perbandingan Metode Isolasi DNA Terhadap Nilai Kemurnian DNA untuk Pengujian White Spot Syndrom Virus (WSSV) pada Lobster Bambu (Panulirus versicolor)

Authors

  • Devita Tetra Adriany Stasiun KIPM Luwuk Banggai
  • Achmad Afif Bakri Stasiun KIPM Luwuk Banggai
  • Monicha Indrasari Bungalim Fakultas Perikanan Universitas Muhammadiyah Luwuk

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektifitas dalam memperoleh konsentrasi dan kemurnian DNA serta efisiensi waktu pengerjaan isolasi DNA dengan perbandingan beberapa metode isolasi DNA dalam pengujian WSSV. Adapun manfaat penelitian ini adalah memberikan informasi yang digunakan sebagai referensi dalam pemilihan metode yang efektif dan efisien serta memberikan hasil yang valid pada kegiatan isolasi DNA.Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Uji Stasiun KIPM Luwuk Banggai, pada bulan September sampai dengan bulan Oktober 2019. Parameter yang digunakan adalah nilai kemurnian DNA dan nilai konsentrasi DNA hasil isolasi yang diperoleh dari analisis spektrofotometri dan analisis elektroforesis serta efisiensi waktu pengerjaan. Sampel yang digunakan adalah jaringan insang lobster bambu. Metode yang digunakan adalah Rancangan Acak Lengkap (RAL) dengan menggunakan tiga perlakuan dan tiga ulangan. Dimana perlakuan A (Lysis Buffer),perlakuan B (Wizard genomic DNA purification) dan perlakuan C (DNAzol). Untuk menentukan perbedaan metode isolasi dilakukan uji analisis sidik ragam (ANOVA) dilanjutkan dengan Uji BNT (Beda Nyata Terkecil). Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode Lysis buffer sangat berbeda nyata dengan metode DNAzol. Hasil isolasi dengan menggunakan metode Lysis Buffer memiliki nilai kemurnian yang tertinggi (2,0) dan nilai konsentrasi tertinggi yaitu 56,05 µg/ml, dengan waktu pengerjaan yang sangat singkat (± 40 menit). Namun konsentrasi DNA dengan metode DNAzol menunjukkan nilai kemurnian yang rendah (1,5-1,6) dan nilai konsentrasi rendah (13,55-13,75 µg/ml) dengan waktu pengerjaan yang singkat (± 50 menit).Kata kunci:WSSV, isolasi DNA, kemurnian DNA, Panulirus versicolor

Downloads

Download data is not yet available.

References

Amrillah A M, Widyarti S, Kilawati Y., 2015. Dampak Stres Salinitas Teradap Prevalensi White Spot Syndrome Virus (WSSV) dan Survival Rate Udang Vannamei (Litopenaeus vannamei) pada kondisi Terkontrol. Brawijaya

Baharawi S, Amalia L, Effendi R et al., 2015. Perikanan Lobster Laut. Jakarta Selatan

Faatih M., 2009. Isolasi Dan Digesti DNA Kromosom. Surakarta

Geneaid., 2015. GENEzolTM Reagent. Jakarta Barat

Hanafiah, K. A. 2014. Rancangan Percobaan Teori dan Aplikasi. Rajawali Press. Jakarta.

Iqbal M, Buwono I D dan Kurniawati N., 2016. Analisis Perbandingan Metode Isolasi DNA Untuk Deteksi White Spote Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Vaname (Litopenaeus vannamei). Universitas Padjadjaran

IQ2000TM., 2014. Instruction Manual White Spot Syndrome Virus (WSSV). Taiwan

Junaidi, 2017. Spektrofotometer UV-Vis untuk Estimasi Ukuran Nanopartikel Perak. Lampung

Khairunisa I, Nadhira A, Fauji R A, Rosyada N A, Fathurrahman I, Nadhila A., 2013. Isolaso DNA Plasmid. Bandung

Komalasari, K. 2009. Pengaruh perbandingan volume darah dan lisis buffer serta kecepatan sentrifugasi terhadap kualitas produk DNA pada sapi Frensian Holstein (FH). Skripsi. Institut Pertanian Bogor. Bogor.

Maftuchah, Winaya A, dan Zainudin A., 2014. Teknik Analisis Biologi Molekular. Yogyakarta

Mulyani Y. 2011. Perbandingan Beberapa Metode Isolasi DNA Untuk Deteksi Dini Koi Herpes Virus (KHV) Pada Ikan Mas (Cyprinus carpio L). Jatinangor

Mustafa H, Rachmawati I. Dan Udin Y. 2016. Pengukuran Konsentrasi Dan Kemurnian DNA Genom Nyamuk. Jakarta

Morihito R.V.S.A, Chungdinata S.E, Nazareth T.A, Pulukadang M.I, Makalew R. A. M, Pinontoan B. 2017. Identifikasi Perubahan Struktur DNA Terhadap Pembentukan Sel Kanker Menggunakan Dekomposisi Graf. Manado

Pratiwi R, 2001. Mengenal Metode Elektroforesis. Jakarta

Promega, 2010. Wizard® Genomic Dna Purification Kit. USA

Pusat Karantina Ikan PUSKARI. 2008. Metode standar pemeriksaan HPIK golongan virus White Spt Syndrome Virus (WSSV). Jakarta

Setyono D, E. D. Herliyani N E, Negara E F, Utami M. A. F., 2017. Deteksi Molekuler White Spote Syndrome Virus (WSSV) pada udang Vannamei Litopeanus vannamei di PT. Hasfam Inti Sentosa. Bengkulu

Yanti M.E.G, Herliany N E, Negara B F, Utami M A F., 2017.Deteksi Molekuler White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Udang Vannamei Litopenaeus vannamei di PT. Hasfam Inti Sentosa. Bengkulu

Yi G, Wang Z, Qi Y, Yao L, Qian J dan Hu L., 2004. Vp28 of shrimp White Spot Syndrome Virus Is Involved In The Attachment And Penetration Into Shrimp Cell. China

Downloads

Published

2020-07-22

How to Cite

Adriany, D. T., Bakri, A. A., & Bungalim, M. I. (2020). Perbandingan Metode Isolasi DNA Terhadap Nilai Kemurnian DNA untuk Pengujian White Spot Syndrom Virus (WSSV) pada Lobster Bambu (Panulirus versicolor). Prosiding Simposium Nasional Kelautan Dan Perikanan, (7). Retrieved from https://journal.unhas.ac.id/index.php/proceedingsimnaskp/article/view/10813